天平十三年（七四一年）能登国が越中国の一部であった時代、越中国の一宮は現在の気多大社であった。気多大社が中央の文献に初めて見えるのは『万葉集』である。天平二十年（七四八）、越中守大伴家持が出挙のため能登を巡行したとき、まず本社に参詣して、「之乎路から直超え来れば羽咋の海朝凪ぎしたり船楫もがも」（志雄街道をまっすぐに越えて来ると、羽咋の海は朝なぎしている。舟と櫓が欲しいものよ）と詠んだ。本社がいかに重んじられ、のちに能登の一の宮となる神威を当時すでに有していたことがわかる。
北陸の一角にありながら朝廷の尊崇が厚く、神階も累進して貞観元年（八五九）には正二位勲一等から従一位にのぼっている。このような国家の厚遇は、東北経営、あるいは新羅や渤海を中心とした対外関係とも無縁ではあるまい。能登半島の要衝に鎮座する気多大社の神威が中央国家に及んでいたのである。近年、南方八〇〇メートルの地に発見された寺家遺跡は縄文前期から中世にわたり、大規模な祭祀関係の出土品や遺構類は気多大社とのかかわりあいをしのばせる有力な資料となっている。 延喜の制では名神大社に列して祈年の国幣にあずかった。「神名帳」によれば、気多神社と称するものが但島、能登、越中、越後（居多神社と称する）にあるほか、加賀には気多御子神社があり、国史見在社として越前に気多神社がある。日本海沿岸にひろく気多の神が祭られていたことを知ることができ、古代における気多大社の神威がしのばれる。

能登の守護畠山氏の社領の寄進、社殿の造営などが見られる。今も遺る摂社若宮神社（国指定重要文化財）は畠山氏の再建で、石川県の中世建造物として重視される。
近世は、前田利家をはじめ歴代の藩主が崇敬し、社領三百五十石を寄進したほか、祈願、祈祷はもとよりしばしば社殿の造営をした。本殿（大己貴命）、拝殿、神門、摂社若宮神社（事代主命）、摂社白山神社（以上国指定重要文化財）、神庫、随身門（ともに県指定文化財）がそれである。 加賀藩の保護した社叢（国の天然記念物）には奥宮が鎮座し、「入らずの森」と呼ばれる聖域となっている。昭和五十八年五月二十二日、全国植樹祭に御来県の昭和天皇が本社に行幸され、入らずの森に踏み入られ「斧入らぬ みやしろの森 めずらかに からたちばなの 生ふるを見たり」と御製を詠まれました。昭和天皇は、決してみだりに採取などなさらず、それぞれの植物が平穏に存続をつづけ、その場所の植物相がいつまでも変わらないようにとお祈りになっておられるからである。「斧入らぬみやしろの森」は、そのおよろこびなのである。明治四年（一八七一）に国幣中社、大正四年（一九一五）には国幣大社となり、現在も北陸道屈指の大社として知られる。